Katalog přístrojů a služeb

Vyberte si přístroj nebo službu
Přístroje | Služby | Pracoviště
Pracoviště "Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum"
Jméno pracoviště: Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum
Fakulta: Přírodovědecká fakulta - Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum
Ulice: Šlechtitelů 813/21
Město: Olomouc
Charakteristika pracoviště: Projekt vybudování Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum představuje nový rozměr spolupráce mezi univerzitou a olomouckými pracovišti Výzkumného ústavu rostlinné výroby (oddělením zelenin a speciálních plodin) a Ústavu experimentální botaniky (laboratoře molekulární cytogenetiky, cytometrie a cytoskeletu). Jde o společný projekt, do kterého každý z partnerů přináší své specifické know-how, odborníky a vybrané špičkové technologie.
Služby "Centrum regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum"
Služba Popis
Vývoj biospecifické látky pro chemickou biologii růstově regulačních látek Na našem pracovišti máme plně vybavenou laboratoř organické syntézy, ve které jsme schopni zakázkově vyvíjet biologicky aktivní látky sloužící k regulaci růstu rostlin. Nabízíme pomoc při chemickém designu látky, syntézu jedné konkrétní látky nebo menší knihovny látek pro použití v problematice regulace růstu rostlin. Smluvní množství je z kapacitních důvodů omezeno na 10 g, je však možné námi navrhnout převedení syntézy do provozního měřítka a zajistit vhodného dodavatele.

Syntéza může probíhat klasickou formou v baňce nebo s využitím hydrogenačního autoklávu. Pro charakterizaci připravených látek lze použít elementární analýzu, měření bodu tání, 1H a 13C NMR spektra, MS spektra, HPLC a TLC pro stanovení čistoty koncového produktu.
Kvalitativní a kvantitativní charakterizace organických látek a směsí pomocí vybraných fyzikálně-chemických metod V rámci dlouhé tradice našeho oddělení v oblasti vývoje nových organických látek máme také vhodné zázemí pro charakterizaci těchto látek, včetně všech možných dostupných metod, které jsme zvyklí používat rutinně.

Pro charakterizaci organických látek používáme elementární analýzu, měření bodu tání u chemických individuí, HPLC-UV, HPLC-LSD, HPLC-MS/MS, NMR.
Vývoj metody pro stanovení stability účinné látky v kosmetickém přípravku při určité teplotě a pH Na našem pracovišti máme plně vybavenou analytickou laboratoř a přípravnu organické syntézy, ve které jsme schopni stanovit obsah a stabilitu účinné látky v kosmetickém přípravku. Nabízíme pomoc při určení míry homogenizace látky v přípravku, její stability při různém pH a teplotě, vypracování časové osy stability látky.S podobnými experimenty máme bohaté zkušenosti.

Příprava vzorku a pozorování krystalizačních jader je možná pomocí dostupné drobné techniky v přípravně organické syntézy (včetně polarizačního mikroskopu pro optická pozorování). Pro stanovení stability lze využít HPLC technik spojených s hmotnostní spektrometrií.
Nabídka semenářských technologií cizosprašných druhů zelenin, léčivých rostlin a speciálních plodin Prostřednictvím vlastního opylovacího servisu nabízíme produkci kvalitního osiva s vysokou klíčivostí a HTS.

Disponujeme:
  • Dlouholetými zkušenostmi a kvalifikovanou péčí o genetické zdroje zelenin, léčivých, aromatických a kořeninových rostlin (LAKR).
  • Ověřenou Metodikou využití hmyzích opylovačů u cizosprašných druhů zelenin, léčivých, aromatických a kořeninových rostlin pěstovaných v technické izolaci.
  • Ověřenými semenářskými technologiemi pro cizosprašné druhy zelenin a LAKR.
Technické vybavení:
  • Stabilní izolační klece prosklené (rozměr 5150 mm x 2850 mm x výška 1800 mm);
  • Stabilní izolační se síťovou kapucí (rozměr 5150 mm x 2850 mm x výška 1800 mm);
  • Mobilní izolační klece (rozměr 2000 mm x 3000 mm x výška 1700 mm);
  • Polní vakuová sušárna;
  • Kompletní mechanizace pro kultivaci a ošetřování porostů.
Opylovací servis:
  • Oddělky včely medonosné (Apis mellifera L.);
  • Hnízda čmeláka zemního (Bombus terestris L.);
  • Vlastní včelnice s 18 včelstvy.
Advanced bioimaging Na našem pracovišti máme plně vybavenou laboratoř pro pokročilý bioimaging biologických vzorků, ve které jsme schopni vizualizovat a analyzovat široké spektrum fluorochromů a fluorescenčních proteinů. Nabízíme také ko-lokalizace dvou nebo vice fluorochromů současně, mikroskopickou spektrální analýzu, rychlý live bioimaging v živých buňkách a pokročilé mikroskopické aplikace jako FRAP, FRET a multitracking. Smluvní množství vzorků je z kapacitních důvodů omezeno v závislosti na potřebném přístrojovém čase a vytížení mikroskopů.

Laboratoř je vybavena moderním konfokálním laserovým mikroskopem Zeiss LSM710 s přídavným piezzo-stolkem, který urychluje snímání v 3-D a fluorescenčním binokulárním mikroskopem s dokumentačním zařízením.
DNA sekvenování pomocí ABI BigDye chemie Na našem pracovišti máme plně vybavenou laboratoř určenou pro sekvenování DNA pomocí tzv. dideoxy metody (Sangerova sekvenování).

Při sekvenování využíváme standardních procedur s využitím ABI BigDye chemie a výsledné DNA sekvence jsou zákazníkovi zaslány do 10 pracovních dnů od data přijetí vzorků. Kromě standardního sekvenačního servisu, který je podrobně popsána na web stránkách Laboratoře (http://lmcc.ieb.cz/dnasequencing- service) nabízíme také konzultace v oblasti přípravy a přečištění vzorků a DNA sekvenování.

Potřebné přístrojové vybavení zahrnuje několik PCR cyclerů v 96 jamkovém formátu, robotickou stanici Biomek (Beckman Coulter) používanou k přečištění sekvenačních produktů s využitím magnetických kuliček (96 jamkový formát) a stěžejním přístrojem je 96 kapilární ABI DNA analyzátor (Applied Biosystems), na kterém probíhá analýza sekvenačních produktů (kapilární elektroforéza) a Sequencing Analysis Software (ABI) určený k základní analýze dat.

Sekvenční servis zahrnuje:
  • I.) Přípravu sekvenační reakce (pomocí ABI BigDye chemie), následné přečištění produktů (s využitím magnetických kuliček a robota BioMEK), kapilární elektroforézu (s využitím 96 kapilárového ABI DNA analyzátoru) a základní analýzu dat (Sequencing Analysis Software, ABI) NEBO
  • II.) Kapilární elektroforézu vzorků (s využitím 96 kapilárového ABI DNA analyzátoru) připravených (pomocí ABI BigDye chemie) a přečištěných v laboratoři zákazníka.
Vývoj metody pro stanovení obsahu fytohormonů a příbuzných látek v rostlinném materiálu Na našem pracovišti se již řadu let zabýváme vývojem nových metod pro izolaci, identifikaci a kvantifikaci různých skupin endogenních rostlinných hormonů. Nabízíme pomoc při optimalizaci a aplikaci těchto metod na konkrétní rostlinný materiál. Minimální množství vzorku pro standardní analýzu je 200 mg, je však možné námi navrhnout převedení analýzy do mikroměřítka.

Izolace rostlinných hormonů je prováděna kombinací SPE na různých stacionárních fázích a imunoafinitní chromatografie s využitím imobilizovaných polyspecifických protilátek připraveným proti jednotlivým skupinám fytohormonů. Látky jsou pak identifikovány a kvantifikovány pomocí UPLC-MS/MS technologie.
Stanovení antioxidační kapacity potravin metodou ORAC Na našem pracovišti rutinně provádíme měření antioxidační kapacity rostlinných a potravinářských vzorků metodou ORAC. Zkratka ORAC odvozená z anglického názvu „Oxygen Radical Absorbance Capacity“ představuje schopnost pohlcovat volné radikály. Čím má zdroj vyšší hodnotu ORAC, tím lepší má antioxidační vlastnosti. Průměrné ORAC hodnoty běžných potravin jsou volně dostupné na stránkách amerického ministerstva zemědělství (USDA). V České republice je metoda zatím poměrně ojedinělá a na Univerzitě Palackého v Olomouci je dlouhodobě studována v Laboratoři růstových regulátorů.

Základní přístrojové vybavení pro poskytování služby: Synergy H4 Hybrid Multi-Mode Microplate Reader
Konstrukce genomových a chromozómově specifických knihoven klonovaných ve vektoru BAC Naše pracoviště nabízí přípravu genomických a chromozómově specifických knihoven DNA klonovaných ve vektoru BAC s průměrnou délkou inzertů 130 kbp. Vyvinuli jsme originální postupy umožňující připravovat kvalitní vysokomolekulární DNA z jader nebo tříděných chromozómů různých plodin pomocí průtokové cytometrie. Vybavení laboratoře plně odpovídá nárokům kladeným na úspěšnou realizaci těchto prací. Kromě přípravy DNA knihoven, nabízíme přípravu vysokohustotních filtrů, případně sadu PCR poolů pro skrínink knihoven a v neposlední řadě uchování kopie těchto vzácných materiálů v hlubokomrazících boxech (-80°C). Seznam dosud připravených knihoven lze nalézt na web stránkách Laboratoře (http://olomouc.ueb.cas.cz/genomic-resources).

Izolace jader probíhá standardní metodou nebo u rostlin s velkým obsahem cukerných a polyfenolických látek je využita purifikace na vysoce výkonných průtokových cytometrech, které se také používají k třídění rostlinných chromozómů. Na pracovišti jsou dva FACSVantage dual laser flow cytometry a jeden FACSAria SORP flow cytemetr od firmy Becton Dickinson. Pro přípravu knihoven je využívána pulzní gelová elektroforéza (Bio-Rad), eletroeluční aparatura (Bio-RAD) a elektroporátor (Life Techologies), dvě robotizované stanice GeneTAC G3(Genomic Solutions) a Q-BOT (Genetix). Kompletní vybavení laboratoře lze nalézt na web stránkách Laboratoře (http://olomouc.ueb.cas.cz/facilities).
Ověření biologického účinku růstově regulačních látek Na našich pracovištích nabízíme testování biologického účinku přípravků s růstově-regulačním potenciálem v sérii rutinních biotestů umožňujících popis základní biologické aktivity in vitro a ověření mechanismu účinku studiem interakce přípravků s klíčovými enzymy metabolismu, transportu a percepce rostlinných hormonů. Přípravky lze aplikovat na modelové rostliny v laboratorních a skleníkových podmínkách a popsat vliv na růst a vývoj, např. vliv na klíčení, vývoj klíční rostliny, vývoj kořene (délka hlavního kořene a počet postranních kořenů), vliv na fotomorfogenezi, vývoj a růst stonku, vývoj generativních orgánů, výnos a senescenci. Nabízíme také testování v polních podmínkách na základním panelu hospodářky významných rostlin. Dále lze testovat vliv aplikace přípravku na expresi klíčových genů biosyntézy, degradace, transportu a percepce rostlinných hormonů a jiných genů ovlivňujících důležité parametry vývoje rostlin a doplnit tak celkový pohled na mechanismus účinku testovaného přípravku.

Pro testování biologického účinku jsou k dispozici plně vybavené biochemické a mol. biologické laboratoře. K analýze genové exprese se využívají pipetovací roboty (Beckmann Coulter, Agilent) a vysokokapacitní real-time array system (Applied Biosystems). K pěstování rostlin jsou k dipozici kultivační komory a boxy (Percival, Conviron), skleníky s kontrolou teploty a osvětlení, hydroponické pěstování, automatizovaná fenotypizační linka s kontinuálním sběrem dat a polní areál o výměře 4,50 ha.
Produkce rekombinantních proteinů Naše pracoviště nabízí přípravu rekombinantních proteinů ve větším množství. Bakteriální nebo kvasinkové expresní systémy jsou navrženy tak, aby zajistily správný folding exprimovaného proteinu s případnými posttranslačními modifikacemi. Pro usnadnění následné purifikace, lze protein exprimovat s fúzní doménou. Podle požadavků je možné také provést site-directed mutagenezi, za účelem modifikace struktury nebo aktivity proteinu.

Pro přípravu rekombinantních proteinů máme k dispozici plně vybavenou molekulární biologickou laboratoř. Exprese proteinů se provádí v laboratorním fermentoru v nádobách o objemech 10 až 30 litrů. Purifikaci proteinů umožňuje nízkotlaký chromatograf s detektorem UV a vodivosti.
Optimalizace dávkování vybraných herbicidů a monitorování jejich odbourávání v rostlinách Významná skupina herbicidů používaných v praxi hubí plevele díky ovlivnění přenosu elektronů v tylakoidech chloroplastů. Jedná se o skupiny C1, C2, C3 a D herbicidů podle evropské klasifikace HRAC (Herbicide Resistance Action Committee). Navázání herbicidů na fotosystémy lze neinvazivně monitorovat pomocí měření kinetiky chlorofylové fluorescence, tzv. fluorescenčního indukčního jevu (FIJ). Samotné fluorescenční měření trvá asi jednu sekundu. Tato metodika je využitelná i pro sledování odbourávání herbicidů v rostlinách. Měřením FIJ na rostlinách ošetřených herbicidy různé koncentrace po různou dobu můžeme zjistit, jaké dávky herbicidů jsou pro požadovaný efekt na rostliny optimální.

Na našem pracovišti máme řadu přístrojů pro měření fluorescenčního indukčního jevu, mimo jiné i fluorometr PEA (Hansatech, Velká Británie) či fluorometr FL-100 (Photon Systems Instruments, ČR), které umožňují měření i přímo v terénu.